В 1981 году окончил Тюменский индустриальный институт, ныне Тюменский государственный индустриальный университет (ТГИУ), с получением квалификации "Горный инженер" по специальности "Бурение нефтяных и газовых скважин"". Выпускник кандидата технических наук, старшего научного сотрудника Зарипова Самирзяна Зариповича.

В 1996 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических наук по специальности 05.15.08 — Обогащение полезных ископаемых. Тема диссертации: "Разработка технологии окускования каменноугольных шламов Печорского бассейна методом брикетирования с порошкообразными лигносульфонатами".

Научный руководитель — кандидат технических наук, старший научный сотрудник Будаев Станислав Сергеевич (г. Люберцы, "Институт обогащения твёрдого топлива").

В 2000 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора технических наук по специальности 11.00.11 — Охрана окружающей среды и рациональное использование полезных ископаемых. Тема диссертации: "Научные основы создания ресурсосберегающих технологий использования отходов добычи и переработки углей Печорского бассейна".

Научный консультант — Заслуженный деятель науки РФ, доктор технических наук, профессор Шувалов Юрий Васильевич (Санкт-Петербург, СПГГИ(ТУ)). 

Приказом Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки от 15 апреля 2009 года № 773/103-п присвоено ученое звание профессора по кафедре "Экологии промышленных зон и акваторий".

Производственная деятельность

С 1969 по 1981 год работал на рабочих и инженерных должностях в строительных, геологических и горных предприятиях Свердловской области (слесарь, помощник бурильщика Богдановичской ГРП, инженер-конструктор, начальник монтажно-наладочного участка Управления СУМиПНР, ст. прораб Богдановичского завода строительных материалов), учился в институте.

С 1981 по 1996 г. – на инженерных и административных должностях в геологических, строительных и горных предприятиях Республики Коми: инженер на геологоразведочных работах, ст. инженер технологического участка Воркутинской геологоразведочной экспедиции "Полярноуральское геологическое объединение" (ПГО "Полярноуралгеология"), главный инженер и начальник геологоразведочной партии, главный инженер и начальник методических партий по бурению, начальник строительно-монтажного управления; генеральный и технический директор ОАО "Воркутинское брикетное производство".

Учебная и методическая работа

С 1996 по 2000 г. – заместитель директора "Воркутинского горного института" филиала СПГГИ (ТУ) по экономике и внебюджетной деятельности, совмещение – доцент кафедры "Горного дела" (г. Воркута).

С 2000 г., после защиты докторской диссертации по 2005 г. – профессор кафедры "Технологии и техники бурения скважин" Санкт-Петербургского государственного горного института (Технического университета).

В СПбГМТУ работает с 2005 года в должности заведующего кафедрой "Экологии промышленных зон и акваторий" с первого дня ее создания, обеспечивая необходимые кадровый потенциал кафедры, требуемый уровень подготовки студентов и статус выпускающего учебного структурного подразделения СПбГМТУ.

В настоящее время ведет курсы дисциплин: "Обеспечение экологической безопасности морских нефтегазовых сооружений", Малоотходные и ресурсосберегающие технологии. Утилизация отходов", "Обеспечение экологической безопасности объектов энергетики", "Нетрадиционные и возобновляемые источники энергии", и др.

Руководит научной работой аспирантов (Россия) и докторантов PhD (Р. Казахстан).

Активно использует в учебном процессе и экспертной работе (судебная экспертиза, Главная государственная и государственная экологическая экспертизы) опыт производственной, конструкторской и исследовательской деятельности.

Инициатор и Участник:

• создания НИЛ "Электромагнитной безопасности" НИЧ СПбГМТУ при кафедре ЭПЗиА;
• создания совместного Научно-Образовательного Центра "Механобр-Техника СПбГМТУ" (со стороны СПбГМТУ), в котором студенты кафедры знакомятся с современными отечественными технико-технологическими разработками в области обогащения горных пород и переработки отходов производства и потребления.

Научная работа

В сферу научных интересов профессора Нифонтова Ю.А. входят:

• разработка экологически безопасных буровых промывочных и технологических жидкостей для бурения, заканчивания и эксплуатации скважин на основе полимеров отечественного производства;
• брикетирование углеродсодержащих материалов — отходов обогащения углей (шламов), отходов деревообработки;
• переработка многотоннажных отходов промышленных предприятий;
• рекультивация нарушенных земель;
• захоронение сточных вод в подземные горизонты;
• обеспечение карстобезопасности урбанизированных территорий, и др.

Перечень опубликованных и приравненных к ним работ состоит из более 170-ти наименований, в том числе, монографии (единолично и в соавторстве), научное открытие, патенты и авторские свидетельства на изобретение, в том числе, зарубежные (Республика Казахстан).

Научная и педагогическая деятельность тесно связана с работой горных, нефтегазовых и строительных предприятий, научно-исследовательских и проектно-конструкторских институтов России и ВУЗов Республики Казахстан. При этом, значительная часть научных работ Нифонтова Ю.А. (статьи, монографии, патенты и научное открытие) посвящена охране окружающей среды и рациональному использованию природных ресурсов.

За последние пять лет (с 2017 по 2022 г.) выпущено более 30-ти научных работ: публикации в научных журналах и сборников трудов в РФ и РК, учебные пособия, патенты и авторские свидетельства РФ и РК, НИР в составе творческих групп в т. ч., с участием студентов кафедры ЭПЗиА.

За период преподавательской деятельности подготовил и выпустил пять кандидатов технических наук и три Доктора PhD (КазНТУ и ЮКГУ, г.г. Алматы и Шымкент, Республика Казахстан).

В соответствии с приказом Ректора СПбГМТУ от 31.12.2016 № 563 формирует новую учебно-научную лабораторию "Геолого-геофизические технологии промышленного освоения арктических территорий и акваторий северных морей" (2256), финансируемой за счет бюджета ПАО "Роснефть".

Общественно-научная и экспертная деятельность

• Член Русского географического общества (РГО)
• Академический эксперт QS World University Rankings (QS Quacquarelli Symonds World University Rankings*) (Мировые рейтинги университетов, проводимые Британской Консалтинговой Компании Quacquarelli Саймондс)
• Член диссертационного совета Д 212.228.07 при СПбГМТУ
• Член ФУМО СЗО "Техносферная безопасность"
• Куратор волонтерского движения по Программе "ПИЛАРН"
• Член-корреспондент РАЕН

Награды Ведомств и Общественных организаций

• Памятный нагрудный знак в честь 300-летия геологической службы России Министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды Республики Коми "За заслуги в изучении недр Республики Коми"
• За заслуги в развитии топливно-энергетического комплекса знак "Шахтерская слава III степени" Министерства энергетики РФ
• Диплом о научном открытии "Явление самоструктурирования при брикетировании углеродсодержащих твердых материалов с активным тонкодисперсным связующим" № 219, 2002 г.
• Памятная серебряная медаль им. П.Л. Капицы "Автору научного открытия"
• Золотая медаль "Лауреату 52 Всемирного салона изобретений". Брюссель. 2003 г.
• Бронзовая медаль Международного салона инвестиций. Женева 2004 г.
• Диплом лауреата конкурса Международной Программы образования в области Точных Наук (ISSEP) ДДФ Фаундейшн "Грант Санкт-Петербурга" / Профессор 2004 года "Соросовская программа", г. Санкт-Петербург. 2004 г.
• Медаль "В честь 50-летия кафедры Технологии и техники бурения нефтяных и газовых скважин КазНИТУ", г. Алматы, Республика Казахстан, 2016 г.
• Приказом министра науки и высшего образования РФ от 30.03.2020, № 86 к/н присвоено почетное звание "Почетный работник сферы образования Российской Федерации".